Dans le cadre de sa stratégie de conservation de la flore menacée, le CBNBP élabore des plans de conservation ciblés sur des espèces particulièrement
menacées dans les régions ou départements de son territoire d'agrément. Ces plans ont vocation à assurer la conservation des espèces à travers la proposition
d'actions concrètes comme l'information aux propriétaires, la mise en place d'une gestion écologique, la récolte de graines, le renforcement de populations ou
encore la communication. Ils ont également pour but de fédérer les différents acteurs institutionnels ou associatifs concernés par ces espèces.
Des plans de conservation ciblés sur certaines végétations remarquables et menacées sont également rédigés avec les mêmes objectifs.